マジカルアイズは、ビジュアルノベルタイプのアドベンチャーゲームです。
基本的には、マウス左クリックのみでゲームを進めることができます。

この項では、左クリックに加え、より快適にゲームを進めるための操作方法を解説します。

	[マウス左クリック/Enterキー] ボタンを押したり、物語を読み進めるために使用します。
	[マウス右クリック] システムメニューを開きます。 システムメニューからは、セーブやロード、文章の表示速度や音量の調節をするコンフィグ画面を開くことができます。 また、このシステムページで紹介している、フローチャートやMagipediaもシステムメニューから閲覧可能です。 ゲームを終了したり、タイトル画面に戻る場合も、システムメニューを利用します。
	[マウススクロールボタン] マウスの中央ボタンをスクロールすると、これまでのメッセージログ(履歴)が閲覧できます。 読み飛ばしてしまった文章や、確認したい内容がある場合などに利用すると便利です。
	[Ctrlキー] Ctrlキーを押すことによって、文章をスキップできます。 初期設定では既読文章のみスキップできますが、右クリックメニューの「config」画面で、 全ての文章をスキップできるよう設定可能です。
	[Spaceキー] Speceキーを押すと、メッセージウィンドウが一旦消去されます。 背景やイベントCGなどをウィンドウ無しで鮮明に観ることができます。 もう一度Spaceキーを押すか、Enterキー、マウス左クリックで再びメッセージウィンドウが現れます。

ゲーム中、マウスの右クリックを押すとシステムメニューが開きますが、最初に表示されているのがフローチャートです。
フローチャートは、各キャラクターの行動や出来事を時系列で確認できる機能です。
物語を読み進めることにより、フローチャートが作成されていきます。

画像の青色のアイコンは通過したシナリオを、金色のアイコンは現在進行中のシナリオを表します。 青色のアイコンは、その上にカーソルを合わせることにより、その物語のあらすじを読むことができます。

フローチャートは1画面につき1日分を表示しており、日付が進むと新しいページが作成されます。 フローチャート画面の両端のボタンを押すことで各日付のフローを閲覧できます。

マジカルアイズの文章表示には、「アドベンチャー」と「ノベル」の二種類の形式があります。
基本的には「アドベンチャー」形式で進行しますが、特定のシーンでは「ノベル」形式に切り替わります。

2つのモードの区別は「一人称視点」と「三人称視点」です。 一人称視点の場合はアドベンチャー形式で、三人称視点の場合はノベル形式で進行します。 「アドベンチャー」形式は、画面の下部に文章が、画面の左上には日付と場所が表示されるのに対し、 「ノベル」形式では、文章が画面全体に表示されます。

一人称視点、つまりアドベンチャー形式に切り替わる際には、「物語が誰の視点で進行するのか」を明確にするためのカットインが挿入され、画面右上にはアイコンが表示されます。

物語を進行していると、単語が青い文字で表示され、画面右上にその単語がポップアップすることがあります。
本のアイコンと共にポップアップする単語は「辞書ワード」と言い、青文字をクリックすることで、その意味や詳細を閲覧することができます。

辞書ワードは、表示された時に「Magipedia」に登録されます。 もしメッセージウィンドウの文字をクリックしそびれてしまっても、「Magipedia」を開くことで、いつでも単語のTipsを閲覧できます。 「Magipedia」は、右クリックメニューから「Index」をクリックすると開きます。

物語の要所にて、これまでに得た単語から事件を推理します。

物語の中で、左の画像のような、鍵マークのついた単語がポップアップすることがあります。
これは「キーワード」と言い、この項で解説する「推理モード」にて使用する単語です。

	[推理モード・メイン画面] 推理するにあたり、確認すべき要件のリストです。 各パネルをクリックすると、関連する解答のリストが表示されます。
	[解答（キーワード）リスト] これまでの物語中で得たキーワードから、要件に合ったワードが表示されます。 これだと思うワードをクリックすることで、解答します。 もちろん一度選んだワードを変更することもできます。
	[推理終了] 解答欄を埋めると、このボタンが表示されます。 このボタンをクリックすると、推理モードが終了します。

推理モードを終了すると、正答率に応じたランクが表示されますが、この結果が物語に影響を与えることはありません。 その代わり、このランクに応じて、追加シナリオが閲覧できたり、タイトルメニューの「SPECIAL」に閲覧できるアイテムが追加されます。